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中心办公室
中心办公室负责实施综合协调管理，下设审计室。办公室的作用：承上启下、协调左右、参谋作用、服务作用、助手作用。中心办公室是为本单位领导工作直接服务的综合办事机构，代表领导处理全局性的问题，是指挥、控制整个单位工作的中心部门，确保中心各项工作有序开展。办公室是本单位的信息网络中心，是各种信息的交汇点和集散点。 办公室主要工作是督办、落实中心领导的指令、指示，职责范围涉及整个中心。
血液部
本部门作为上海市血液中心的一线业务部门，下设血库、采血室、成分室、化验室和社会事务科五个科室，承担着整个上海市区血液的采集、制备、检验、贮存和发放工作，并在积极地为招募、建立一支长期固定的自愿献血者队伍而努力，具体职能和分工如下：
一、化验室
科室主要负责血液标本的检测工作。根据国家有关规定对所有血液和血液制品用不同试剂进行两遍筛查。筛查项目包括：乙肝表面抗原（HBsAg）、人类免疫缺陷病毒抗体（Anti-HIV）、丙型肝炎病毒抗体（Anti-HCV）、梅毒螺旋体抗体(Anti-TP)、谷丙转氨酶（ALT）、ABO和RH D血型。同时还参加了国家卫生部临检中心的室间质控、NRL（National Reference Laboratory）的室间质控。
本实验室初、复检每日检测约2000例标本，分上、下午两班进行工作。实验室配备有先进的检测设备，真正实现了自动化、标准化和网络化。酶标检测设备采用THERMO和HAMILITION FAME系统；前处理加样设备采用Tecan RSP200/8和 HAMILITION STAR加样系统；生化ALT检测设备采用HITACHI 7600全自动生化仪；血型检测设备采用Vivace和Tecan RSP200/8血型加样系统。本实验室所有自动化检测设备均采用电脑化管理，化验室自成一个局域网，用MEDUSA软件报告实验结果并将最终化验结果传输至中心采供血管理系统。自动化的检测和实验结果的电脑化管理保障了血液检测结果的准确性，从而确保血液的安全。
二、采血室
主要负责血液采集工作，为上海市区内的医院临床用血提供保障。共有13个固定献血点、1支外出小分队和9辆流动献血车，分别接待自愿无偿献血者和团体组织无偿献血者。
1、按照中心质量管理体系的标准和要求，确保向临床提供安全的血液，为献血者提供优质、完善的服务。
2、 做好志愿无偿献血者的咨询、接待、体检、血液采集和献血后护理工作。
3、 承担团体组织无偿献血者的体检和标本血的采集工作。
4、 完成志愿无偿献血者的单采血小板采集工作。
5、 承担“上海市红十字会”骨髓捐献者的标本血采集工作。
6、 开展街头无偿献血的现场宣传、动员和招募活动。
三、成分室
为满足临床成分输血的需求创建于1980年，是采供血业务科室的中间环节，员工均为专业技术人员。成分室每年分离约25万袋全血(约32万单位)，分离率达到了96%以上，临床血液成分输注率已经超过了99%。目前可以向临床提供多种血液成分制品，包括红细胞悬液、洗涤红细胞、冻融红悬液、浓缩血小板、新鲜冰冻血浆、冰冻血浆、低温沉淀物、r-辐射血液、病毒灭活血浆和去白血液制品等。其中去白血液制品和病毒灭活血浆是从1998年开始应用新的制备方法－－使用亚甲兰利用光诱导氧化损伤作用达到灭活脂质包膜病毒。
四、血库
由待检库、成品库及浦东采供血点组成，现有人员25名，24小时轮流值班。血库主要承担了采供血链上“供”的一环，每年向临床提供血液及血液成分制品数量达到了65万单位。
（一）待检库
1、 确保待检血液及血液成分制品的储存安全。
2、 中心、郊县、外省市待检血液及血液成分制品的入库及入库检验。
3、 合格血液及血液成分制品的标签打印及粘贴、包装。
4、 留样标本的管理。
5、 可疑血液制品的隔离、不合格血液及血液成分制品的报废。
（二）成品库
1、 确保合格血液及血液成分制品的储存安全。
2、 与医院建立良好的关系，将医院反馈的信息传递至中心。
3、 接收医院的订单并进行评审。
4、 合格血液及血液成分制品的发放及最终检验。
5、 医院退血的判定及处置。
6、 血液新技术、新制品、科学输血观的推广及咨询。
五、社会事务科
该科室是中心的对外服务部门，具有献血宣传、献血者服务和临床服务功能。
首先，为主动适应献血模式的转变，科室致力于积极向全社会宣传无偿献血理念和知识，负责无偿献血工作中典型人物、事迹的采访和报道，开展形式多样的无偿献血主题活动，负责志愿无偿献血者队伍的建设，目前已经建立了宣传服务队、应急献血志愿者队伍、稀有血型俱乐部。
同时作为中心归口负责对外工作的窗口，向社会公布科室电话，解答献血者在献血前、后与献血相关关的问题。做好献血者、团体献血组织者和临床用血医院的来电、来信和来访的接待工作，以信件、电话或邮件的方式及时做好自愿献血者血液检测结果的回复。收集献血者资料与信息。定期与献血者联络、沟通。
为进一步推进临床科学、合理用血，科室还专门聘用两名临床专员，负责收集献血和用血医院的服务信息；处理献血者和用血医院的反馈，包括意见、建议、抱怨和投诉，并上报血液部和递交质量与法规部。向医院临床介绍血液成分及血液制品，宣传合理用血。接受医院临床的用血咨询。
财务部
财务部的主要工作是依据国家相关财经法律、法规、政策、制度，掌握中心的财务状况、经营业绩和资金变动情况，按时进行财务分析，提出运营意见和建议；对中心重大投资活动进行财务论证、分析、监督、审核；参与中心基本建设投资决策，当好领导的参谋。
从上世纪九十年代初至目前，中心财务部遵照国家有关政策、法规，以制订、完善中心的财务制度为重点，对中心的相关业务实施系统化财务管理，十余年间做了大量的工作。2004年荣获市卫生系统经审三等奖、财务特等奖。
人力资源部
人力资源部主要负责中心职工的工资奖金分配、人事档案管理、职称晋升评定、人力资源管理咨询项目管理、职工教育培训管理。中心以实际情况和发展规划为依据，拟定人力资源规划，招聘现设岗位所需要的合适人员；按各工作岗位的特点、性质和要求，对工作人员的技能水平进行一系列的适岗培训、考核和评估，并制订合理的薪酬分配体系及奖惩办法。
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上海输血研究所
免疫血液学红细胞血型学科和免疫血液学血小板血型学科 该学科前身是血型参比研究室，成立于60年代，1985年被国家卫生部任命为国家血型参比研究室。研究室拥有一批高、精尖的检测装置和经验丰富的工作人员。主要从事输血领域中免疫血液学的科研、血型诊断试剂的研制、专业人员的培训。
输血传染病学学科前身是输血传染病研究室，成立于1994年，主要研究方向为输血与传染病之间的关系，其中包括输血传染病的筛选、诊断、预防、控制及监测等几方面的内容。拥有研究员、博士、硕士等研究人员。
血液工程学科前身是血液工程研究室，成立于2000年，主要研究现代生物工程技术在血液安全保障及血液资源开发中的应用：血浆衍生制品、血细胞衍生制品的开发与应用，干细胞工程及干细胞工程血液制品、基因工程血液制品、血液代用品的开发与应用。目前拥有博士、研究员、实习研究员等研究队伍。
血型检测中心 成立于2006年，前身为1974年创立的中国第一个白细胞抗原（human Leuococyte Antigens）研究协作组织，为中国历史最悠久的专业HLA实验室之一，目前主要任务是检测临床相关的血液标本，输血技术咨询、疑难血型鉴定，组织器官配型，脐带血造血干细胞配型等。
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精神文明办公室
本部门主要工作职责如下：
一、负责中心精神文明建设的总协调。对中心精神文明建设工作进行全面的统筹规划、指导协调和检查考核。
二、负责制订中心精神文明建设的年度计划和中长期规划，并抓好落实。
三、协调开展精神文明建设系列创建活动。
四、负责实施申报、检查、验收、命名、表彰等精神文明建设工作日常管理。
五、开展丰富多彩的中心文化建设活动，推动精神文明建设工作。
六、总结精神文明建设中的先进经验，推荐和宣传先进人物和事例典型。
七、积极完成领导交办的其他任务。
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党委办公室
本部门是上海市血液中心党委的职能部门，在中心党委的领导下负责本中心的组织、宣传、老干部、统战、综合治理及对外联络等多项工作。
具体包括：
1、认真贯彻执行中央、市委及中心党委的方针、路线、政策、决议、指示等，保证中心各项工作任务顺利完成；
2、监督、参与中心各项改革工作，做好政策宣传及职工思想政治工作，保障中心业务工作正常运行；
3、负责安排党委会议和党的其他会议，并做好会议的会务筹备、记录和纪要起草等工作；负责草拟党委工作计划、总结及请示、报告等文件；
4、督促检查组织、宣传、精神文明、综合治理、统战、共青妇、老干部等工作完成情况；
5、及时了解各部门贯彻党委计划、决议的情况和党内动态，及时向党委汇报并提出工作意见。负责督办、落实党委布置的各项其他工作；
6、负责安排做好党政班子民主生活会，并做好会前准备、会议记录，和向上级报告等工作；
7、实施对中层干部的考核、考察、竞聘工作。按工作程序办理干部任免手续；
8、负责组织党员、干部、职工的教育、学习和管理工作；
9、负责领导党支部的自身建设工作，包括党小组学习、评议党员、干部管理等工作。
10、负责党内文件的收发、登记、传阅、立卷、保管使用和归档等工作；做好党的印鉴保管使用和人民来信的登记、传阅、转办及日常来访的接待工作；
11、负责与上海市卫生局组织部、宣传部及同级单位的联系及协调工作。
团委
共青团上海市血液中心自2001年由总支改建为团委至今已有6年的历程。2007年3月，共青团上海市血液中心召开了第二次代表大会。大会严格按照规定程序，采用民主集中制原则，通过选举产生了新一届团委班子，包括团委书记1名、团委副书记2名、团委委员4名（分管组织、宣传、文体、策划）。中心团委下共设4个团支部，每个支部包括1名支部书记及若干名支部委员。在中心党委的带领下，中心团委通过基层整体化建设，形成了以团委为指导，团支部抓落实的良好局面，各团支部围绕中心团委的工作，同时结合各团支部的实际，创造性地独立开展工作。
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工会
根据形势需要充分发挥工会桥梁与纽带作用,妥善处理改革、发展、稳定三者的关系。主要负责血液中心工会日常工作，确保工会各项工作顺利开展，切实保障职工的各项生活福利、维护职工的合法权益，推进职工素质工程和凝聚力工程建设；坚持职工代表大会制度，负责筹备职工代表大会、联席会议等，并贯彻大会的决议，提高职工代表参政议政能力；推进政务公平、公开，加强民主建设、干部民主评议，以职代会、公示栏、工会专栏等形式实行民主监督。
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妇委
主要负责维护中心女职工的合法权益，配合有关部门解决妇女在劳动保护、卫生保健、子女教育、计划生育、社会保障以及妇女培训教育等发展方面的实际问题；根据上级妇联的指示及中心妇代会的决议，决策本中心妇女工作的重大事项，推动并参与有关妇女发展政策的制定和落实。
质量与法规部
开展内部质量体系审核，开展现场动态审核，对不符合质量体系要求的情况及时进行监督管理。通过组织开展纠正和预防措施，推动本中心质量管理工作的持续改进。开展血液和血液制品的常规抽检、原辅材料的进货检验、采供血设备的质量控制以及环境和人员的卫生检查。建立健全采供血行业法律和法规信息库，并依照相关法律法规要求组织本中心的依法管理工作。对各种现代质量管理理论和采供血行业相关法律法规开展应用研究工作。
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后勤服务部
中心后勤的主要职责是负责各类原辅材料、设备、器材和物品的采购、供应、储备、管理；基本建设及设备、设施的管理、维修、保养；落实安全保卫、门卫值班、消防设施管理；公用部位保洁、绿化、污物处理；水、电、煤、锅炉管理；以及总机服务、被服清洗、车辆、食堂管理等工作。
2007年1月，后勤服务部下设总务设备科、采购供应科、物业科、车管科四个科室。
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信息管理部
信息管理部负责中心所有信息系统的技术工作，确保其正常运行，其中包括全市血液管理信息系统，中心的内外部网页，内外部邮件系统，网络的规划和安全，业务数据的统计，为各种计算机的应用提供技术支持。
信息管理部负责运行的《全市血液管理信息系统》，业务范围涵盖全市的所有采供血和相关管理部门，全市所有与血液相关的业务都由此系统处理。整个系统核心由六台HP小型机组成，其中包括容灾系统。系统网络实时连接全市八个郊县血站，十一个区血液管理办公室以及全市所有献血屋和流动献血车。
信息管理部负责中心与计算机相关工作技术支持和培训工作。